Simbiosis berasal dari bahasa Yunani sym yang artinya"dengan" dan "biosis" yang berarti kehidupan. Simbiosis merupakan interaksi antara dua organisme yang hidup berdampingan. Jamur dapat bersimbiosis dengan makhluk hidup lain, seperti ganggang hijau. Simbiosis ini biasa disebut dengan lumut kerak. Selain lumut kerak, simbiosis jamur pun dapat menghasilkan Mikoriza.
a. Lumut Kerak (Lichenes)
Merupakan hasil simbiosis fungi (Ascomycota atau Basidiomycota) yang disebut mikobion dengan alga biru atau alga hijau yang disebut fikobion. Tumbuh pada pohon, di tanah, batu karang. Berperan sebagai organisme perintis dan sensitif terhadap polusi udara.
b. Mikoriza
Bereproduksi aseksual dengan cara fragmentasi atau soredium (beberapa sel ganggang yang terbungkus oleh hifa jamur). Bereproduksi seksual dengan menghasilkan askospora atau basidi-ospora. Contoh: Physcia, Parmelia.
Mikoriza merupakan bentuk simbiosis antara fungi dengan akar tanaman, yaitu tanaman pinus dan kacang-kacangan. Jamur yang membentuk mikoriza berasal dari golongan Zygomycota, Ascomycota, atau Basidiomcota. Terdapat dua jenis mikoriza, yaitu ektomikoriza yang terdapat pada akar pinus dan endomikoriza pada akar tanaman kacang-kacangan.
Ektomikoriza memiliki hifa yang tidak dapat menembus ke dalam akar (korteks), tetapi hanya sampai pada lapisan epidermis. Endomikoriza memiliki hifa yang menembus akar sampai ke bagian korteks. Selain terdapat pada tanaman kacang-kacangan juga dapat hidup di akar anggrek dan sayuran, seperti kol.